这座博物馆位于熊本城西北部，经过全面翻修后于2018年重新对外开放。熊本博物馆展示内容涉及领域繁多，一楼展示熊本市的历史和文化，二楼展示熊本县的自然历史，地下室设有一个天文馆。博物馆的设计旨在方便参观，并提供包括中文简繁体在内5种语言的语音以及文字导览服务，参观者可以通过智能手机的APP“掌上文艺人员”收听或浏览。
进入馆内，迎面而来的就是细川家族的御用船“波奈之丸”的船舱。这艘船建于1838年，专供统治熊本近250年的细川家族在从江户（今东京）返回家乡时乘坐。豪华的两层船厅里设有榻榻米房间、漆木制品和各种精致配件。通过博物馆二楼的一个窗户可以俯瞰整个船舱。

穿越时空的生活
另一些展品则展示了从旧石器时代到武士时代、一直到20世纪中期，人们在熊本的生活。中央走廊提供了概览，侧厅则深入挖掘了一些特定主题。这里重现了明治时代(1868-1912)的一座“町屋”（商人或工匠的住宅兼店铺或工坊）和另一间昭和中期（20世纪60年代）的普通民宅，民宅内陈列着一些早期的家电产品，它们是推动日本战后经济腾飞的动力。一条“秘密走廊”就隐藏在博物馆一楼的一侧，通过廊上的窗户可以看到博物馆仓库里的42,000件藏品，有些甚至尚未编目。

熊本的自然及其多样性
二楼以介绍自然历史以及熊本的生物多样化为中心，亮点是位于熊本市东南部江津湖的湖底立体模型，另外以鱼的视角展现水下景观以及关于外来入侵物种的展示都十分有趣。此外，这里还使用动物标本及其粪便标本，向孩子们介绍如何在金峰山（位于熊本市西部、熊本市内海拔最高的山峰）上找寻野生动物的踪迹。

追随剑齿象的脚步
二楼还有一处更为传统的自然历史博物馆，展示着不同种类的动植物，包括哺乳动物、鸟类、蛇类、鱼类和真菌。明星展品是出土于中国的剑齿象骨骼化石和在熊本出土的剑齿象的部分颌骨。在综合地质展区，还陈列着可供触摸的岩石样本。