肥后熊本藩第一代藩主加藤清正(1562-1611)作为一位神道教神明被供奉在加藤神社。他的陵墓位于熊本市西部的本妙寺。
每逢新春，三天里大约有40万民众前往加藤神社，向这位当地神明“清正公大人”祈求好运。加藤清正从1588年起成为熊本北半部的领主，到1600年开始统治全境，成为肥后熊本藩第一代藩主。他规划了大规模防洪工程，治理了当地的河流，使这片土地更加安全和肥沃，并为今天的熊本奠定了基础。

建筑工和战士之神
加藤清正深受建筑师和建筑工的尊敬，土木工程和建筑方面的天赋更使他广受赞誉。同时，无论是在远征朝鲜期间(1592-1598)，还是在1600年直接促成德川幕府(1603-1867)建立的关原之战中，加藤清正从未在战争中遭遇败绩，因此在参与剑道和棒球这类日本竞技运动的人群中也享有盛誉。人们还向“清正公大人”祈求战胜疾病或通过名校考试，因为他的姓氏“加藤”在日语里是“战胜”的谐音。
加藤神社在其约150年的历史中曾多次搬迁。它建成于1871年，即武士统治结束和新明治政府诞生后不久。最初被称为锦山神社，位于熊本城的中心位置，建在两座天守和宇土橹塔楼之间。1874年，当帝国陆军的一个师团驻扎城中之后，神社迁往紧邻城墙东北面的京町，这样平民不必进入营地就能参拜神社。1884年神社被焚毁后重建，就此更名为加藤神社。1962年，因为一条新主干道的建设，神社只能再度搬迁，这次它终于回归了城堡建筑群，就坐落在原址的北边。为了给加藤神社让出位置，栌方门也迁移到了熊本城南部。新神社采用混凝土建造，最大程度减少了火灾的风险，在2016年的地震中也几乎没有受损。

致敬忠臣
从加藤神社可以看到大小天守的美景，这里是摄影师眼中的绝佳取景地，也常常举行婚纱摄影等活动。神社内有一株据说是加藤清正手植的古银杏树，还有一座他从朝鲜带回来的石桥，传说走过这座石桥可以增加人生旅途中的成功机会。1611年，两位忠诚的家臣为追随辞世的加藤清正而一同切腹殉葬，一位是加藤清正远征朝鲜时随他一起回来并负责管理账务的朝鲜人金官，一位是大木兼能，他们也被供奉在加藤神社中。