這座博物館位於熊本城西北部，經過全面翻修後於2018年重新對外開放。熊本博物館的展示內容涉及領域繁多，一樓展示熊本市的歷史和文化，二樓展示熊本縣的自然歷史，地下室設有天文館。博物館的設計旨在方便參觀，提供包括中文簡繁體在內5種語言的語音以及文字導覽，參觀者可以透過智慧手機的APP「袖珍文藝人員」收聽或瀏覽。
進入館內，迎面而來的就是細川家族的御用船「波奈之丸」的船艙，這艘船建於1838年，專供統治熊本近250年的細川家族從江戶（今東京）返回家鄉時乘坐。豪華的兩層船廳裡設有榻榻米房間、木製漆器和各種精緻配件，透過博物館二樓的一個窗戶可以俯瞰整個船艙。

穿越時空的生活
另一些展品則展示了從舊石器時代到武士時代、再到20世紀中期，人們在熊本的生活。中央走廊提供了概覽，側廳則深入展示一些特定主題。廳內重現了明治時代（1868-1912）的一座「町屋」（商人或工匠的住宅兼店鋪或工坊）和另一間昭和中期（1960年代）的普通民宅，民宅裡陳列著一些早期的家電產品，它們是推動日本戰後經濟榮景的動力。一條「秘密走廊」就隱藏在博物館一樓的一側，透過廊上的窗戶可以看到博物館倉庫裡的42,000件藏品，有些甚至尚未編目。

熊本的自然及其多樣性
二樓以介紹自然歷史及其生物多樣性為中心，特色是展現位於熊本市東南部的江津湖湖底的立體模型，另外以魚的視角展示水下景觀以及關於外來入侵物種的展示都非常有趣。此外，這裡還使用動物標本及其糞便標本，向孩子們介紹如何在金峰山（位於熊本市西部、熊本市內海拔最高的山峰）上找尋野生動物的蹤跡。

追隨劍齒象的腳步
二樓還有一處更為傳統的自然歷史博物館，展示了不同種類的動植物，包括哺乳動物、鳥類、蛇類、魚類和真菌。明星展品是出土於中國的劍齒象骨骼化石和熊本出土的劍齒象的部分頜骨。在綜合地質展區，還陳列著可供觸摸的岩石樣本。