肥後熊本藩第一代藩主加藤清正（1562-1611）作為一位神道教神明被供奉在加藤神社。他的陵墓位於熊本市西部的本妙寺。
每逢新春，三天裡大約會有40萬民眾前往加藤神社，向這位當地神明「清正公大人」祈求好運。加藤清正從1588年起成為熊本北半部的領主，到1600年開始統治全境，成為肥後熊本藩的第一代藩主。他啓動了大規模防洪工程，治理了當地的河流，讓這片土地更加安全和肥沃，為今日的熊本奠定了基礎。

建築工和戰士之神
加藤清正深受建築師和建築工的尊敬，更以其在土木工程和建築方面的天賦而廣受讚賞。且無論是在遠征朝鮮期間（1592-1598），還是在1600年直接促成德川幕府（1603-1867）建立的關原之戰中，加藤清正從未在戰爭中遭遇敗績，因此在熱衷劍道和棒球這類日本競技運動的人中也頗負盛譽。人們還會向「清正公大人」祈求戰勝疾病或通過名校考試，因為其姓氏「加藤」在日語裡就是「戰勝」的諧音。
加藤神社在其150年的歷史中，歷經多次搬遷。神社建成於1871年，即武士統治結束和新明治政府誕生後不久。最初被稱為錦山神社，位於熊本城的中心位置，建在兩座天守和宇土櫓塔樓之間。1874年，當帝國陸軍的一個師團駐紮城中之後，神社遷往緊鄰城牆東北面的京町，這樣平民不必進入營地就能參拜神社。1884年神社被焚毀後重建，就此更名為加藤神社。1962年，為了建設一條新主幹道，神社只能再度搬遷，這次終於回歸了熊本城建築群，坐落在原址的北邊。為了給加藤神社讓出位置，櫨方門也遷移到了熊本城南部。新神社採用混凝土建造，最大程度減少了火災的風險，而在2016年的地震中也幾乎沒有受損。

致敬忠臣
從加藤神社可以看到大小天守的美景，這裡因此成為攝影師眼中的絕佳取景地，也常常有婚紗攝影等活動。神社內有一棵據說是加藤清正親手種植的古銀杏樹，還有一座他從朝鮮帶回來的石橋，傳說走過這座石橋可以增加人生中的成功機會。1611年，兩位忠誠的家臣為追隨辭世的加藤清正而一同切腹殉葬，一位是加藤清正遠征朝鮮時隨他一起回來並負責管理帳務的朝鮮人金官，一位是大木兼能，他們也被供奉在加藤神社中。