ศาลเจ้าคิตาโอกะตั้งอยู่ที่ภูเขาฮานะโอกะ(ตีนเขา) ใกล้กับสถานีรถไฟ JR คุมาโมโตะ.
เมื่อครั้งที่ถูกสร้างขึ้นครั้งแรกในปี ค.ศ. 934 ที่จังหวัดคุมาโมโตะ เขตนิชิ นิฮงงิ ได้มีส่วนหนึ่งของวิญญาณของศาลเจ้าซายากะจากจังหวัดยามาชิโระ(ปัจจุบันอยู่ทางตอนใต้ของจังหวัดเกียวโต)ได้ลงมาประดิษฐานและหลังจากนั้นก็ได้ทำการย้ายขึ้นไปยังยอดเขาของภูเขาฮานาโอกะ,และย้ายมาตำแหน่งปัจจุบันในปี ค.ศ.1647
ในปี ค.ศ.1877 ช่วงสงครามเซนัน ว่ากันว่ากองบัญชาการทหารของฝ่ายกบฏนั้นตั้งอยู่บนเนินเขาเพื่อที่จะสามารถมองลงมาเห็นปราสาทคุมาโมโตะ.
อาคารศาลเจ้าปัจจุบันนั้นถูกสร้างขึ้นใหม่ในปี ค.ศ. 1933 แต่ทว่าต้นการบูรอายุ 1000 ปีที่สูงตระหง่านอยู่ตรงทางเดินเข้าไปนมัสการศาลเจ้านั้นบ่งบอกถึงประวัติศาสตร์อันยาวนานของมัน.
เจ้าต้นการบูรต้นใหญ่นี้ถูกเรียกว่า ""ฟูฟุคุสุโนะคิ"" มีการกล่าวมาตั้งแต่โบราณว่าถ้าหากลอดผ่านต้นการบูรนี้แล้วสักการะแล้วละก็จะยิ่งทำให้ปัดเป่าความทุกข์,แก้ชง,ประสบโชคลาภ,คู่รักหวานชื่นอีกทั้งยังจะได้รับพรความโชคดีในการแต่งงานอีกด้วย.