Das Museum befindet sich nordwestlich der Burg und wurde 2018 nach einer kompletten Renovierung wiedereröffnet. Es ist mehrere Museen in einem, wobei die erste Etage der Geschichte und Kultur der Stadt Kumamoto gewidmet ist, die zweite Etage die Naturgeschichte der Präfektur Kumamoto behandelt und im Untergeschoss ein Planetarium untergebracht ist. Das Museum ist leicht zugänglich gestaltet und bietet einen Audioguide in vier Sprachen, der als Smartphone-App verfügbar ist.
Das erste Exponat beim Betreten des Museums ist die Kabine der Naminashi Maru, dem Schiff, mit dem die Familie Hosokawa, die Kumamoto fast zweieinhalb Jahrhunderte lang regierte, von Edo (dem heutigen Tokio) in ihre Heimatstadt zurückkehrte. Es wurde 1838 erbaut und ist ein kunstvoller zweistöckiger Pavillon mit Räumen aus Tatami-Matten, lackierten Holzarbeiten und aufwendigen Armaturen. Im zweiten Stock des Museums befindet sich ein Fenster, von dem aus man die Kabine der Naminashi Maru von oben betrachten kann.
Leben im Wandel der Zeit
Die anderen Exponate zeigen, wie das Leben in Kumamoto von der Altsteinzeit über das Zeitalter der Samurai bis zur Mitte des 20. Der zentrale Korridor bietet einen Überblick, während die Nebenräume einen tieferen Einblick in spezifische Themen bieten. Es gibt eine Nachbildung eines Machiya-Stadthauses aus der Meiji-Ära (1868-1912) und eine weitere eines gewöhnlichen Hauses aus der Mitte der Showa-Ära (1960er Jahre), letztere zeigt frühe Beispiele der Unterhaltungselektronik, die Japans wirtschaftlichen Aufstieg in der Nachkriegszeit vorantreiben sollte. Ein "geheimer Korridor" verläuft entlang einer Seite der ersten Etage des Museums mit einem Fenster, das einen Blick auf die Sammlung des Museumslagers mit 42.000 Gegenständen ermöglicht, von denen einige nicht katalogisiert sind.
Das zweite Obergeschoss hat seinen Schwerpunkt in der Naturgeschichte. Zu den Highlights gehört hier ein Diorama der Tiefen des Ezu-Sees, der südöstlich der Stadt Kumamoto liegt. Es gibt einen Blick aus der Fischperspektive unter die Oberfläche des Sees, zusammen mit einem interessanten Exponat über invasive fremde Arten. Eine Ausstellung mit ausgestopften Tieren und Exemplaren ihres Kots soll Kindern zeigen, wie sie die Zeichen des tierischen Lebens auf dem Berg Kinpu erkennen können.
Auf den Spuren eines Stegodons
Im Obergeschoss befindet sich ein eher traditionelles Naturkundemuseum, das verschiedene Tier- und Pflanzenklassen wie Säugetiere, Vögel, Schlangen, Fische und Pilze zeigt. Das Star-Exponat im Obergeschoss ist das versteinerte Skelett eines elefantenähnlichen Stegodons aus China und ein Teil eines Stegodon-Kiefers aus Kumamoto. Die umfangreiche geologische Abteilung des Museums beinhaltet Gesteinsproben zum Anfassen.
