พิพิธภัณฑ์นี้ตั้งอยู่ทิศตะวันตกเฉียงเหนือของปราสาทคุมาโมโตะ บูรณะแล้วเสร็จ และเปิดให้เข้าชมได้อีกครั้งในปี 2018 เป็นแหล่งรวบรวมหลายๆ พิพิธภัณฑ์ไว้ในที่เดียว ชั้น 1 นำเสนอเรื่องราวประวัติศาสตร์และวัฒนธรรมของเมืองคุมาโมโตะโดยเฉพาะ ส่วนชั้น 2 รวบรวมประวัติศาสตร์ธรรมชาติเอาไว้ และที่ชั้นใต้ดินจะมีท้องฟ้าจำลอง พิพิธภัณฑ์แห่งนี้ออกแบบเพื่อให้ใช้บริการได้ง่าย และสามารถเลือกไกด์ 4 ภาษาได้จากแอพพลิเคชั่นของสมาร์ทโฟน

ห้องจัดแสดงแรกเป็น “ห้องเรือนามินาชิมารุ” ว่ากันว่าตระกูลโฮโซคาวะที่ปกครองคุมาโมโตะมายาวนานประมาณ 250 ปี ได้เดินทางจากเอโดะ (โตเกียวในปัจจุบัน) เข้ามาคุมาโมโตะเป็นครั้งแรกด้วยเรือลำนี้ ซึ่งสร้างขึ้นในปี 1838 มีลักษณะ 2 ชั้น ถูกประดับตกแต่งเอาไว้ มีห้องเสื่อทาทามิ, เครื่องเขิน และฝากั้นห้องที่ทำขึ้นอย่างประณีต ที่ชั้น 2 ของพิพิธภัณฑ์มีหน้าต่างที่สามารถดู “ห้องเรือนามินาชิมารุ” จากข้างบนได้

การดำเนินชีวิตจากอดีตถึงปัจจุบัน

อื่นๆ ที่จัดแสดงอยู่ เป็นรูปแบบการดำเนินชีวิตของคุมาโมโตะตั้งแต่ยุคหินเก่า ผ่านมายุคซามูไรจนเข้าสู่ศตวรรษที่ 20 บริเวณระเบียงวนส่วนกลางเป็นการจัดแสดงโดยย่อ ส่วนห้องริมทางเดินทั้งสองฝั่งนำเสนอแบบเจาะลึกลงไปในแต่ละหัวข้อ มีการจำลองให้เห็นบ้านเมืองในสมัยเมจิ (1868–1912) และบ้านเรือนสมัยโชวะตอนกลาง (1960s) โดยสมัยโชวะจะมีตัวอย่างของเครื่องใช้ไฟฟ้ายุคแรกๆ ซึ่งเป็นช่วงการเจริญเติบโตทางเเศรษฐกิจของญี่ปุ่นหลังสงครามจัดแสดงอยู่ “ระเบียงแห่งความลับ” ทอดยาวไปตามทางเดินที่ชั้น 1 ของพิพิธภัณฑ์ จากตรงนั้นจะมีหน้าต่างซึ่งสามารถแอบมองดูสิ่งของที่เก็บรักษาอยู่กว่า 42,000 ชิ้น ในจำนวนเหล่านั้นบางชิ้นยังไม่ได้ถูกบันทึกลงในรายการสิ่งของ

ที่ชั้น 2 เน้นเรื่องประวัติศาสตร์ธรรมชาติ สิ่งที่น่าสนใจของที่นี่จะเป็นฉากสามมิติที่จำลองให้เห็นความลึกของทะเลสาบเอซึ ซึ่งอยู่ทางตะวันตกเฉียงใต้ของเมืองคุมาโมโตะ แสดงมุมมองจากตาปลาที่อยู่ใต้ผิวน้ำของทะเลสาบ และการบุกรุกของสัตว์หรือพืชสายพันธุ์ต่างถิ่น ส่วนอีกด้านหนึ่งมีสัตว์สตัฟฟ์และมูลสัตว์จำลองจัดแสดงเอาไว้ ออกแบบให้มีการอธิบายวิธีจำแนกสัตว์ที่อาศัยอยู่ที่เขาคินโปซังให้กับเด็กๆ ที่มาชม

ร่องรอยของสเตโกดอน

ประวัติศาสตร์ธรรมชาติที่อยู่ชั้นบนของพิพิธภัณฑ์ มีการเก็บรวบรวมเรื่องราวของสัตว์และพืชต่างชนิด รวมทั้งสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนม, สัตว์ประเภทนก, สัตว์เลื้อยคลาน, สัตว์จำพวกปลา และเห็ดราต่างๆ การจัดแสดงที่ได้รับความนิยมของชั้น 2 คือโครงกระดูกฟอสซิลของสเตโกดอน สัตว์ที่มีลักษณะเหมือนช้าง ซึ่งขุดพบที่ประเทศจีน ที่คุมาโมโตะเองก็มีการขุดพบฟอสซิลส่วนคาง (ฟันกราม) ที่มุมธรณีวิทยา (Geo-Geo Study room) สามารถสัมผัสกับตัวอย่างฟอสซิลได้ด้วย