本妙寺是一座位于熊本西部山上的日莲宗佛寺，最初由熊本藩第一代藩主加藤清正(1562-1611)于1585年建于大阪，以纪念其父加藤清忠(1526-1564)。加藤清正最终将寺庙迁至熊本城中。在他辞世后，寺庙于1616年迁至现址。
仁王门（正门）立于1920年，使用当时日本罕见的新型材料——混凝土建造而成。一条长长的石板路从主路中分出，一直通往位于尽头的本妙寺。最初的寺庙在1877年萨摩（今鹿儿岛县）武士向明治政府发起叛乱而导致的“西南战争”中被烧毁，之后于1884年重建，因此沿着小路排列的许多其他建筑都比主要建筑更为古老。
从寺庙通往加藤清正墓的一段上山石梯，名叫“胸突雁木”，意为“在心中感受的阶梯”。176级台阶分列两侧，中间放置了400到500座石灯笼。台阶顶端右边就是中门，门前矗立着一座巨大的长夜灯，基座周围是木制挡风板。过去每到夜晚，长夜灯就被点燃，以便在熊本城天守阁能远远眺望此地。
进入位于台阶顶端的大门，是一个石块铺就的庭院，紧随其后的就是由拜殿和本殿（正殿）组成的灵庙建筑。加藤清正的陵墓位于本殿，边上则是他两位忠臣的坟茔，他们在加藤清正死后切腹殉葬。本殿建筑可以追溯到明治时代(1868-1912)早期，而拜殿之后几经重建。在明治政府发布“神佛分离”号令后，被视为神道教神灵的加藤清正墓被移至当时位于熊本城内的加藤神社。建造灵庙时充分考虑到了与熊本城的协调，所以其本殿顶部和熊本城的大天守保持了同样的高度。
再往山上走300级台阶，可以看到一座于1960年建造的加藤清正像，该像出自雕塑家北村西望(1884-1987)之手，他还设计了长崎和平公园的和平祈念像。