美術館坐落於熊本城西北部一角，由著名建築師前川國男（1905-1986）設計。前川師從20世紀現代建築泰斗勒·柯比意（1887-1965），他還設計了位於東京上野的東京都美術館。這座低層建築與周圍自然景觀融為一體，被認為是前川國男的代表作之一。
美術館的藏品涵蓋三大門類：與熊本有關的古代日本藝術；由與熊本有關的藝術家創作的日本現代藝術；西方藝術。「今西藏品展」陳列了著名收藏家今西菊松（1913-1987）珍藏的浮世繪版畫、茶道器具和藝術品；「濱田知明室」裡的作品則出自出生於熊本縣的同名藝術家和雕刻家濱田知明（1917-2018）。展覽內容全年定期更換。

「細川藏品」展
美術館1樓的常設展覽展示著一座擁有彩繪和裝飾的「古墳」，這種巨石墳塋可追溯至西元200年至600年之間，在全日本共有700座，九州就擁有其中大約200座。
「細川藏品」展的核心展品來自細川家族整整11代人的收藏，細川家族從1632年便開始統治熊本藩，至今在日本仍然頗具影響力，第18代家主細川護熙（1938-）在1993至1994年間就曾擔任日本首相。永青文庫於1950年由細川家族第16代家主細川護立（1883-1970）在東京創立，收藏了從安土桃山時代（1568-1600）到昭和時代（1926-1989）約90,000件藏品，包括繪畫和素描，能劇面具、茶道器具和成套盔甲等，每次有30至60件展品會在博物館的主樓和附樓舉辦的專題展覽中輪流展出。此外，非常設展覽展出的藏品中包括日本國寶和被指定為國家重要文化財產的中國藝術作品。
美術館的咖啡廳和露台可俯瞰熊本城，是參觀者在與當地藝術互動的同時恢復精力的理想之地。