瑞巖寺靈應山根據「肥後國誌」記載，這裡是天台宗比叡山正覺寺的分支寺院。延寶改元之年(1673年)，由名為光朝的僧侶創立，但後來被廢止了。據記載，正德元年(1711年)由大阿闍梨法印廣朝將其復興。
雖然現在是一座廢棄的寺廟，但在境內入口有戒壇石，正面有地藏堂、其東側有放生池，庭園內可以看到許多的石造物。此外，境內的北側是阿蘇熔結凝灰岩形成的險峻崖壁，建有阿蘇宮和端座洞。是一處風光明媚的景點，被熊本市指定為風景名勝和歷史遺跡。
另外，因境內北側斜面湧出的泉水水量豐富，而被指定為熊本水遺產。
瑞巖寺公園也作為螢火蟲聖地被廣為人知，螢火蟲飛舞的季節都會吸引大批遊客前來。

【注意事項】
由於平成28年(2016年)熊本地震，造成許多石造物受損，至今仍有倒塌的燈籠還未修復。因為很危險，所以請不要靠近倒塌的石造物。