此設施為儲藏、組裝、維護與檢查九州新幹線車輛的地點，同時也是進行大型測試與修整的工廠。熊本綜合車輛所為全日本第三大綜合車輛所，僅次於博多綜合車輛所以及仙台新幹線綜合車輛所，深受鐵道迷們的歡迎。