傳奇「劍豪」宮本武藏（1584-1645）在雲巖禪寺的靈巖洞度過了他生命中最後兩年。雲巖禪寺由將禪宗首次引入日本的中國元朝僧人東陵永璵（?-1365）創立，建造於日本南北朝時代（1336-1392）。
現在的寺廟建築大約建於50年前，泉水從寺廟旁一塊佈滿青苔的石頭下汩汩冒出，參觀者可以嘗一嘗宮本武藏當年喝過的泉水。

明治時代的破壞行為
在通往洞窟的山坡上長滿青苔，點綴著許多無頭的坐姿石像。這些是佛陀的弟子五百羅漢，祂們常常被刻畫著困惑或是滑稽的表情。在18世紀早期，一位當地商人渕田屋儀平在佐賀花了整整24年請人雕刻了這些佛像（宮本武藏居住時它們還不在此處），並送給了雲巖禪寺。可惜在明治時代（1868-1912）早期，政府下令「神佛分離」，同時貶低外來的佛教，提升日本本土的神道教信仰，實施了「廢佛毀釋」政策，這些佛像就在那時遭到毀壞。

宮本武藏之死
宮本武藏搬到熊本時已經56歲，知道自己時日無多。正是在靈巖洞內，他創作了《五輪書》，這是一部實用的劍術、兵法和人生指南。對於宮本武藏來說，退隱禪寺並無違和感，相反地，他認為劍術和禪的修煉是互補的，可以借此發現真我，正如「劍禪一如」這個詞所表達的意思。據說，宮本武藏會坐在洞中一塊大石上打坐冥想，當時洞前山坡上的樹木稀少，可以直接看到西面的大海。