พิพิธภัณฑ์นี้ตั้งอยู่มุมหนึ่งของปราสาทคุมาโมโตะทางทิศตะวันตกเฉียงเหนือ อาคารได้รับการออกแบบโดยสถาปนิกที่มีชื่อเสียงคือ คุนิโอะ มาเอะคาวะ (1905-1986) ซึ่งเป็นลูกศิษย์ของ เลอ กอร์บูซีเย (Le Corbusier) และยังเป็นผู้ออกแบบพิพิธภัณฑ์ศิลปะมหานครโตเกียวที่ตั้งอยู่ในสวนอุเอโนะ โตเกียวอีกด้วย พิพิธภัณฑ์แห่งนี้มีโครงสร้างเป็นอาคารทรงเตี้ย จึงกลมกลืนเป็นหนึ่งเดียวกับธรรมชาติและถือเป็นหนึ่งในผลงานสร้างชื่อของ มาเอะคาวะ เลยทีเดียว
คอลเลคชั่นของพิพิธภัณฑ์นี้แบ่งออกเป็น 3 ประเภทคือ ศิลปะโบราณของญี่ปุ่นที่เกี่ยวกับคุมาโมโตะ, ศิลปะสมัยใหม่ของญี่ปุ่นโดยนักเขียนที่มีความสัมพันธ์กับคุมาโมโตะ และศิลปะตะวันตก “คอลเลคชั่นอิมานิชิ” มีภาพอุคิโยะ, อุปกรณ์ที่ใช้ในพิธีชงชา และของโบราณ เป็นต้น ซึ่งเก็บรวบรวมโดย คิคุมัตสึ อิมานิชิ (1913–1987) นักสะสมชื่อดัง และที่ห้อง “จิเมอิ ฮามาดะ” จะแสดงผลงานของจิเมอิ ฮามาดะ (1917-2018) จิตรกรภาพพิมพ์และช่างแกะสลักผู้มีชื่อเสียงซึ่งเกิดที่คุมาโมโตะ งานที่จัดแสดงที่นี่จะหมุนเวียนไปเรื่อยๆ ตลอดทั้งปี
“คอลเลคชั่นโฮโซคาวะ”
ที่ชั้น 1 ของพิพิธภัณฑ์ มี “โคะฟุง” หรือสุสานโบราณที่มีการประดับตกแต่ง เป็นสุสานหินขนาดใหญ่ที่มีมาตั้งแต่ ค.ศ. 200 ถึง ค.ศ.600 จัดแสดงไว้แบบถาวร ซึ่งที่คิวชูมี “โคะฟุง” หลงเหลืออยู่ประมาณ 200 ตัวอย่าง จากทั้งหมดประมาณ 700 ตัวอย่างทั่วประเทศ
คอลเลคชั่นโฮโซคาวะหลักๆ เป็นของสะสมที่สืบต่อกันมา 11 รุ่นของตระกูลโฮโซคาวะซึ่งปกครองคุมาโมโตะมาตั้งแต่ปี 1632 แม้กระทั่งปัจจุบันนี้ตระกูลโฮโซคาวะก็ยังคงมีอิทธิพลในญี่ปุ่นอยู่ ทายาทรุ่นที่ 18 ของตระกูลโฮโซคาวะ คือ โมริฮิโระ โฮโซคาวะ (1938– ) เคยดำรงตำแหน่งนายกรัฐมนตรีในปี 1993-94 ด้วย ที่มูลนิธิเอเซบุงโกะ ในโตเกียว เก็บรักษาหน้ากากละครโน, อุปกรณ์ที่ใช้ในพิธีชงชา, ชุดเกราะ รวมทั้งภาพวาดและภาพสเก็ตซ์ ของสมัยอะซึจิโมโมยามะ (1568–1600) จนถึงสมัยโชวะ (1926–1989) รวมทั้งสิ้นประมาณกว่า 9 หมื่นชิ้น ในจำนวนนั้น 30 ถึง 60 ชิ้นมีการนำไปจัดแสดงที่อาคารใหญ่และอาคารย่อยหมุนเวียนไปเรื่อยๆ
จากร้านกาแฟและระเบียงของพิพิธภัณฑ์ศิลปะ สามารถมองออกไปเห็นปราสาท เป็นสถานที่ที่เหมาะอย่างยิ่งในการหยุดพักระหว่างเสพงานศิลป์ที่มีความผูกพันกับคุมาโมโตะ