Der Schrein Kitaoka Jinja liegt am Fuß des Berges Hanaokayama nicht weit vom JR-Bahnhof Kumamoto. Ursprünglich wurde der Schrein im Jahr 934 in Nihongi in Kumamotos heutigem Stadtteil Nishi erbaut. Er gehörte zum Schrein Yasaka Jinja in der damaligen Provinz Yamashiro (im heutigen südlichen Teil der Präfektur Kyoto). Später wurde der Schrein auf den Gipfel des Bergs Hanaokayama und im Jahr 1647 an seinen heutigen Ort verlegt. Während des Satsuma-Aufstand 1877 diente er der Armee von Satsuma als Hauptquartier, denn von hier aus ließ sich die Burg von Kumamoto gut beobachten.
Das heutige Schreingebäude wurde 1933 errichtet. Riesige, 1000 Jahre alte Kampferbäume überdachen den Zugang und sind Zeuge einer langen Geschichte. Ihr Name fufu kusunoki bedeutet „Ehepaar-Kampferbäume“. Zwischen ihnen hindurch zum Schrein zu gehen bringt Glück: böse Geister werden ferngehalten, Ehen kommen zustande und verlaufen glücklich.