Ce musée est situé dans l'angle nord-ouest du parc du château de Kumamoto. Le bâtiment a été conçu par l'éminent architecte Maekawa Kunio (1905-1986), un élève de Le Corbusier, qui a également conçu le musée d'Art métropolitain de Tokyo à Ueno, Tokyo. Cette structure de faible hauteur, qui se fond dans le paysage naturel qui l'entoure, est considérée comme l'un des chefs-d'œuvre de Maekawa.

Les collections du musée se répartissent en trois grandes catégories : l'art japonais ancien lié à Kumamoto, l'art moderne japonais, souvent réalisé par des artistes ayant des liens avec Kumamoto, et l'art occidental. La collection Imanishi comprend des estampes ukiyo-e, des ustensiles à thé et des objets d'art rassemblés par le célèbre collectionneur Imanishi Kikumatsu (1913-1987). La salle d'exposition Hamada Chimei présente des œuvres de l'artiste et sculpteur éponyme, né à Kumamoto, qui a vécu de 1917 à 2018. Les expositions sont changées régulièrement au cours de l'année.

Collection de la famille Hosokawa
Au rez-de chaussée du musée se trouve une exposition permanente de kofuns peints et décorés, des tombes mégalithiques datant de 200 à 600 de notre ère. Kyushu abrite environ 200 tombes de ce type sur les 700 que compte le Japon.

Le cœur de la collection d'art Hosokawa a été formé au cours de 11 générations de la famille Hosokawa qui a régné sur le domaine de Kumamoto à partir de 1632. Cette famille a continué d'exercer une influence au Japon jusqu'à ce jour. En effet, le dix-huitième chef de la famille, Hosokawa Morihiro (1938-), a été premier ministre en 1993-94. La Fondation Eisei Bunko de Tokyo possède une collection d'environ 90 000 objets, dont des peintures et des dessins, ainsi que des masques nô, des ustensiles à thé et des armures, datant de la période Azuchi-Momoyama (1568-1600) à l'ère Showa (1926-1989). Entre 30 et 60 objets y sont présentés par rotation dans le cadre d'expositions thématiques organisées dans l'annexe ou le bâtiment principal du musée.

Le café et la terrasse du musée surplombent le parc du château, un endroit idéal pour se ressourcer tout en découvrant les œuvres d'art régionales.