Das Museum befindet sich in der nordwestlichen Ecke des Geländes der Burg Kumamoto. Das Gebäude wurde von dem angesehenen Architekten Maekawa Kunio (1905-1986) entworfen, einem Schüler von Le Corbusier, der auch das Tokyo Metropolitan Art Museum in Ueno, Tokyo, entworfen hat. Der niedrige Bau, der mit der umgebenden Naturlandschaft verschmilzt, gilt als eines von Maekawas Meisterwerken.

Das Museum umfasst drei große Sammlungen: alte japanische Kunst mit Bezug zu Kumamoto; moderne japanische Kunst, oft von Künstlern mit Verbindung zu Kumamoto; und westliche Kunst. Die Imanishi-Sammlung umfasst Ukiyo-e-Grafiken, Tee-Utensilien und Kunstgegenstände, die der berühmte Sammler Imanishi Kikumatsu (1913-1987) zusammengetragen hat. Der Ausstellungsraum Hamada Chimei zeigt Werke des gleichnamigen, in Kumamoto geborenen Künstlers und Bildhauers, der von 1917 bis 2018 lebte. Die Ausstellungen werden im Laufe des Jahres regelmäßig gewechselt.

Sammlung der Familie Hosokawa
In der unteren Ebene des Museums befindet sich eine ständige Ausstellung von bemalten und verzierten Kofun, Megalithgräbern, die aus der Zeit von 200 bis 600 n. Chr. stammen. Auf Kyushu gibt es etwa 200 solcher Gräber, von insgesamt 700 in ganz Japan.

Der Kern der Hosokawa-Kunstsammlung entstand über elf Generationen der Hosokawa-Familie, die seit 1632 die Domäne Kumamoto regierte. Die Familie ist bis zum heutigen Tag einflussreich in Japan. Das achtzehnte Oberhaupt der Familie, Hosokawa Morihiro (1938-), war 1993-94 Premierminister. Die Eisei Bunko Foundation in Tokio besitzt eine Sammlung von etwa 90.000 Objekten, darunter Gemälde und Zeichnungen sowie Noh-Masken, Teegeschirr und Rüstungen, die aus der Azuchi-Momoyama-Periode (1568-1600) bis zur Showa-Ära (1926-1989) stammen. Zwischen 30 und 60 Exponate werden hier in wechselnden thematischen Ausstellungen gezeigt, die entweder im Nebengebäude oder im Hauptgebäude des Museums stattfinden.

Das Café und die Terrasse des Museums mit Blick auf den Burgpark sind ein großartiger Ort, um Energie zu tanken und sich mit regionalen Kunstwerken zu beschäftigen.